Comme à Lausanne et Vevey, des dispositions ont été prises afin que cet accueil ait lieu dans les meilleures conditions possibles. Les associations de soutien aux réfugiés veillent à cohabiter harmonieusement avec les utilisateurs traditionnels des locaux de St Jean-Baptiste. Le Vicariat épiscopal de l'Eglise catholique et le Conseil synodal de l'Eglise réformée continuent à encourager les différents partenaires, groupes de soutien et autorités, à demeurer dans un climat de dialogue.