Jusqu’à cette date, il assumera son emploi à plein temps de président. Pendant une première période de cinq années, qui s’est achevée en 1993, Samuel Lutz avait assumé une fonction à temps partiel de Conseiller synodal. En 1996, il était revenu au sein de l’instance de direction des Eglises réformées Berne-Jura-Soleure pour en prendre la présidence.