Cette commémoration a donné lieu à une passe d'armes sur la laïcité entre les deux grands rivaux politiques de la droite française, le premier ministre Dominique de Villepin et le ministre de l'Intérieur, chargé des cultes, Nicolas Sarkozy. Ces dernières années, la édération a demandé un toilettage de la loi de 1905 instaurant la séparation des Eglises et de l'Etat afin de faciliter, entre autres, le financement par des Eglises des activités diaconales. Mais à l'occasion de l'anniversaire de la Fédération Protestante de France, le président Jacques Chirac et le premier ministre Dominique de Villepin ont rappelé leur volonté de ne pas modifier la loi de 1905. "Elle a permis au culte protestant de se développer sans concession envers ses convictions et dans le respect des valeurs républicaines", a souligné le premier ministre. Cependant, quelques heures avant la réception officielle, le ministre de l'Intérieur Nicolas Sarkozy a annoncé la création d'une commission de réflexion sur les relations des cultes et des pouvoirs publics. "C'est un beau cadeau d'anniversaire", a commenté le président de la FPF, Jean-Arnold de Clermont. Mais soucieux de ne pas entrer dans le "combat des chefs" et les rivalités politiques entre Dominique de Villepin et Nicolas Sarkozy, il a ajouté: "je le prends comme une décision du gouvernement".