Dès 1791 déjà, les dispositions fixant une exigence de laïcité pour l’éligibilité à certaines fonctions publiques ont leur place dans la législation et les consciences genevoises, le dernier avatar étant la clause de laïcité prévue à l’art. 141 III de la constitution genevoise, prohibant l’éligibilité des ecclésiastiques à la Cour des comptes, l’organisme de contrôle indépendant de l’administration cantonale genevoise. Considérée comme contraire à la liberté religieuse et aux droits politiques, qui protège le droit des citoyens d’élire la personne de leur choix et d’être eux-mêmes élus dans un organe étatique, cet alinéa de la constitution genevoise n’a pas obtenu la garantie fédérale. « Aujourd’hui, cette disposition est inapplicable », commente le professeur de droit constitutionnel à l’université de Genève Andreas Auer, qui rappelle que la Cour des comptes a pu être constituée en 2006 sans que le problème se pose, ses membres étant élus pour six ans. Cependant, on ne peut exclure la nécessité d’une élection complémentaire, par exemple à la suite d’un décès. « Ce n’est pas forcément dans les milieux ecclésiastiques que l’on recrute les spécialistes de la Cour des comptes, mais on ne peut exclure que l’un d’eux souhaite être élu.et qu’il le soit ». Au cas où Genève entendrait malgré tout refuser l’accès d’un ecclésiastique à la Cour des comptes, la décision prise serait sans doute désavouée par le Tribunal fédéral, avait précisé Christoph Blocher lors du débat au Conseil national.