Bien que cette initiative ait abouti et que sa validité soit reconnue, le Conseil fédéral considère qu’elle « viole cependant les droits de l'homme consacrés par le droit international et va à l'encontre des valeurs essentielles de la Constitution suisse ». Convaincu que l’initiative « rate sa cible », il souligne que l’interdiction visée ne peut aider à endiguer la diffusion de thèses fondamentalistes islamistes. Il y voit une menace pour la paix religieuse et un handicap à l’intégration de la population musulmane « qui, dans sa grande majorité, respecte l’ordre social et juridique suisse ». L’acceptation de cette initiative susciterait aux yeux des sept sages l’incompréhension à l’étranger et un préjudice pour l’image de la Suisse. « L'initiative viole en outre le principe de non-discrimination, car elle vise un symbole religieux de l'islam mais non les édifices similaires d'autres religions ». Déposée le 8 juillet 2008, l'initiative populaire « contre la construction de minarets » porte plus de 113'000 signatures valables et demande d’interdire la construction de minarets en Suisse, édifices dénoncés comme les symboles d'une revendication de pouvoir politico-religieuse qui remet en question la Constitution et le régime juridique suisse. Fait exceptionnel, le Conseil fédéral s’était prononcé contre cette initiative le lendemain même de son dépôt à Berne, par volonté d’apaiser les esprits.