L’éclatement de l’Union soviétique en 1991 a accentué les divisions parmi les Églises orthodoxes. Le patriarcat de Moscou dirigeait les Églises des différentes républiques soviétiques jusque-là, mais la constitution de républiques indépendantes a poussé certaines Églises à se réclamer autocéphales, c’est-à-dire indépendantes. D’autres ont choisi de se placer sous l’autorité du patriarcat œcuménique de Constantinople, c’est le cas de l’Église orthodoxe apostolique d’Estonie, reconnue autonome par ce patriarcat en février 1996. Les dirigeants de cette Église invoquent l’autonomie accordée en 1923 par le même patriarcat, se référant au traité de Tartu de 1920, par lequel la Russie reconnaissait l’indépendance de l’Estonie. Une autonomie que les autorités russes, civiles et ecclésiastiques, ont contestée par la suite (L’Estonie a été incorporée à l’URSS en 1940). Même après l’indépendance de 1991, l’Estonie ferait toujours partie du territoire canonique du patriarcat de Moscou. La reconnaissance de la part du patriarcat œcuménique a accru les tensions avec le patriarcat de Moscou, mais un accord commun à permis ensuite aux Estoniens de choisir librement la juridiction ecclésiale à laquelle ils souhaitaient être rattachés. L’Église orthodoxe russe maintenait ainsi en Estonie sa propre juridiction. L’espoir formulé alors était de rétablir « la pleine communion entre les deux patriarcats dont la collaboration revêt une grande importance pour l’ensemble du monde orthodoxe », et ne voir un jour qu’une seule Église orthodoxe d’Estonie unifiée, comme c’était le cas avant 1945. Ce geste de reconnaissance mutuelle a cependant marqué le clivage paroissial sur le terrain, clivage favorisé par l’usage du russe et de l’estonien de part et d’autre. Du côté de l’Église orthodoxe apostolique, il y a le soupçon que Moscou défende en fait ce qu’il considère comme son territoire historique, et veuille faire reconnaître l’Église orthodoxe d’Estonie pour empêcher son autonomie réelle. Si ces deux Églises sont aujourd’hui considérées comme officiellement réconciliées, la question estonienne reste un point important des discussions entre les patriarcats de Moscou et de Constantinople. Il faut relever à ce titre qu’Alexis II, patriarche de Moscou et de toutes les Russies, est lui-même Estonien. Il fut métropolite de Tallin pour l’Église orthodoxe d’Estonie et président de la CEC à la même époque. Les efforts de dialogue se poursuivent, à l’exemple de l’assemblée des primats des Églises locales, réunis pour la 6ème fois en assemblée du 9 au 12 octobre dernier à Istanbul, où les patriarches Alexis II et Bartholomée Ier étaient présents, tout comme le métropolite Stéphane de Tallin. Inaugurées par le patriarche œcuménique Bartholomée Ier, ces assemblées visent l’unité de l’Église orthodoxe.