Comme le rappelle le Dictionnaire historique de la Suisse, le terme Académie désigne à l’origine les établissement d'enseignement supérieur fondés dans les villes réformées de Suisse dès le XVIe s. Ces écoles poursuivent le même but et avaient des structures semblables : former des pasteurs et des magistrats par les langues classiques, la philosophie et la théologie. Les académies s’ouvrent ensuite aux sciences naturelles et au droit. Elle se différencient des Universités dans le fait qu'elles ne décernent pas de grades et n’enseignent généralement pas la médecine. L’Académie de Genève est ainsi fondée en 1559 par Jean Calvin et Théodore de Bèze, et contrôlée par l'Église protestante. Les étudiants y sont formés avant tout pour devenir pasteurs, mais des cours de médecine, de droit et de scolastique y sont aussi dispensés. Laïcisée au fil des siècles, elle devient formellement Université en 1873. A Neuchâtel, l’histoire est quelque peu différente. C’est dès 1530 qu’une formation théologique des pasteurs est assurée par le « Convent » ou Compagnie des pasteurs. Il ne s’agit toutefois pas d’une Académie au sens classique. Il faut attendre 1838 pour qu’une véritable Académie soit créée par le roi de Prusse Frédéric-Guillaum III, mais elle disparait 10 ans plus tard. Elle a en effet le défaut majeur de paraître trop monarchiste aux yeux de la nouvelle République née de la révolution. Une seconde Académie naît en 1866, et doit attendre 1909 pour devenir officiellement une Université.