La part des chrétiens dans l'archipel est inférieure à 1 % parmi les 127 millions d'habitants. Les 600 000 chrétiens protestants forment une minorité religieuse de 0,48 % de la population totale.

Les premiers missionnaires protestants en provenance des Etats-Unis sont arrivés à Yokohama, au sud de Tokyo, en 1859. Ils n'ont pas tenu compte d'une interdiction promulguée par le gouvernement contre ce type d'implantation, qui a perduré jusqu'en 1873. Des missionnaires anglicans, également américains, se sont installés à Nagasaki la même année. En 1846, un Britannique avait précédé ces deux débarquements missionnaires à Okinawa, avec les mêmes objectifs.

Cependant, le premier contact du Japon avec le christianisme remonte à 1549 et l'arrivée de missionnaires portugais. Plus tard, des catholiques romains espagnols et portugais, parmi lesquels des jésuites comme François Xavier, sont venus travailler dans l'archipel.