Le Conseil de la FEPS demande en outre la création d’une commission d’éthique indépendante au niveau fédéral. La dignité de l’être humain est en effet intangible et la nature unique de chaque personne a droit à un respect absolu. Les dernières propositions du Conseil fédéral sont aussi en adéquation avec la convention du Conseil de l’Europe sur la biomédecine, adoptée au préalable par le Conseil fédéral lui-même. En revanche, le Conseil de la FEPS émet des réserves quant à la décision du Conseil fédéral visant à attribuer aux cantons et non à la Confédération la souveraineté sur les commissions d’éthique. Le danger à redouter est l’émergence d’un « tourisme » de la recherche. La FEPS tient aussi à ce que soit garantie l’indépendance des commissions d’éthique, afin de ne pas transformer une activité délibérative en une simple fonction de contrôle « policier ».