Les deux Eglises devront aussi faire des économies sur l’enseignement religieux. Elles supportent ensemble le poids de l’enseignement religieux jusqu’à la septième année scolaire, ce qui coûte annuellement cinq millions de francs. En raison de rentrées financières à la baisse, pour cause de diminution du nombre de membres des Eglises, l’Eglise catholique romaine bâloise aimerait diminuer la part versée (1,9 million de francs) dans les prochaines années. Jusqu’en 2015, en plusieurs étapes, près de 30% de ce montant devrait être biffé. Le budget plus restreint devrait avoir pour conséquence la prise en charge de davantage d’élèves avec un nombre restreint d'enseignants. A l’avenir, les enfants de deux classes suivront ensemble l’enseignement religieux. La question de l'avenir de cet enseignement doit encore être discuté lors d’une rencontre prévue entre les représentants des Eglises et du Département cantonal de l’instruction publique ; un engagement plus conséquent de l’Etat n’est pas à exclure d’emblée, a commenté Georg Signer, le responsable cantonal des Ecoles. A Bâle-Ville, près de deux tiers des écoliers fréquentent librement l’enseignement religieux.