Inquiétée en tant que personne morale, l’organisation pourrait, en cas de condamnation, être dissoute. Celle-ci avait en effet déjà été condamnée en 2002 en tant que personne morale pour le fichage illicite d’anciens membres. L’affaire a débuté en décembre 1998 par la plainte d’une femme estimant avoir été escroquée par l’organisation. Une autre plaignante, ainsi que le Conseil national de l’ordre des pharmaciens, se sont par la suite constitués partie civile dans l’affaire. C’est, entre autres, pour « exercice illégal de la pharmacie » que le magistrat a décidé de renvoyer sept personnes devant le tribunal correctionnel de Paris. L'église de Scientologie se dit victime de harcèlement de la part des autorités françaises mais se dit confiante sur l'issue de la procédure, assurant que « les actions des autorités françaises n'empêcheront pas l'expansion de la Scientologie".