« La demande commune à toutes les Eglises d'une reconnaissance explicite dans le préambule de la Constitution du rôle historique du christianisme n'a pas été acceptée. Je pense que cet aspect représente vraiment un maillon manquant », écrit Romano Prodi dans une lettre parue dans La Repubblica, le quotidien proche de l'opposition. Catholique convaincu, Romano Prodi rejoint les positions exprimées par le pape Jean Paul II jusqu'à sa mort, reprises depuis par son successeur, Benoît XVI, pour qui l'unité de l'Europe se fonde sur ses racines chrétiennes. Pour l’ancien président de la Commission, l’Europe ne pourra assumer sa responsabilité en matière de justice sociale et de paix « que si la question de son identité est clairement résolue en reconnaissant ses racines chrétiennes ». Tout en soulignant la nécessité du « plein respect de la laïcité », Romano Prodi relève qu' « une Europe qui renierait son propre passé, qui renierait le fait religieux et ne tiendrait pas compte de la dimension spirituelle, serait fortement diminuée par rapport au projet ambitieux qui mobilise toutes ses énergies: construire l'Europe de tous ».