D’une grande richesse selon les participants, l’événement n’a pas fait que des heureux. L'archevêque Christodoulos, responsable de l'Eglise orthodoxe de Grèce, a en effet reconnu l’existence de critiques des certains membres de son Eglise. « Les questions brûlantes de notre époque ne peuvent être réglées efficacement que par des efforts coordonnés et un témoignage chrétien uni », a affirmé l'archevêque Christodoulos pour justifier l’invitation de sa communauté. Dans une lettre ouverte adressée au prélat datée du 6 mai et placée sur le site www.orthodoxnet.gr, environ 90 personnes, entre autres des professeurs d'université, des moines et des prêtres, ont critiqué la décision de l'Eglise de Grèce d'accueillir la Conférence du COE en Grèce. « Malheureusement, notre nation est le premier pays orthodoxe qui ose accueillir une telle conférence, et nous estimons que ce fait constitue, non pas une raison de s'enorgueillir, comme le proclament ses organisateurs, mais une page noire à ajouter à l'histoire religieuse récente de la Grèce », affirment les signataires de cette lettre. Ces derniers mois, l'Eglise grecque s'est trouvée confrontée à une série de scandales, entre autres des accusations concernant l'implication de religieux dans des affaires de corruption de « réseaux judiciaires ».