Dans une lettre, le pasteur Jean-Arnold de Clermont, président de la FPF et également de la Conférence des Eglises européennes (KEK) regroupant 125 Eglises anglicanes, protestantes et orthodoxes, évoque "des inquiétants échos arrivés du Patriarcat oecuménique de Constantinople (Istanbul) qui subit des mesures vexatoires". M. de Clermont rappelle que si "les Eglises n'ont pas à se prononcer sur le cadre juridique et les conditions fixées par le Conseil européen", elles doivent "insister sur le fait qu'il leur semblerait incompréhensible que la liberté de religion, le droit des minorités, comme la reconnaissance du génocide arménien ne soient clairement énoncés comme des exigences intangibles liées à la demande d'adhésion". La Turquie interdit au patriarche oecuménique orthodoxe d'Istanbul, Mgr Bartholomée, qui exerce une primature d'honneur sur les orthodoxes dans le monde, d'utiliser le titre oecuménique, lui refusant tout rôle politique et administratif. Les orthodoxes réclament également la réouverture de leur séminaire de Halki, une île dans le Bosphore. En octobre, la KEK avait soulevé la "question très préoccupante de la situation des minorités chrétiennes" en Turquie tout en estimant que l'entrée de ce pays dans l'UE pourrait avoir "des répercussions positives sur la bonne évolution des relations entre les diverses religions et cultures en Europe et pourrait constituer la pierre d'angle d'un pont entre les mondes chrétien et musulman".