Elle possède trois paquebots d’entraide : l’Anastasis, le Caribbean Mercy depuis 1994 et l’Africa Mercy depuis 1999. Ce dernier paquebot est en cours d’aménagement à Newcastle (Angleterre). Ces bateaux proposent des soins et de l’aide au développement dans les grands ports d’Afrique ou d’Amérique latine, indépendamment de toute appartenance confessionnelle. Ils sont équipés de salles d’opération et de cabinets dentaires. Les becs de lièvre, les cataractes, les reconstructions faciales, les corrections orthopédiques sont les opérations les plus courantes effectuées à bord de ces bateaux. Depuis leur mise en circulation, les paquebots d’entraide ont aussi effectué plus de 100'000 opérations dentaires. 800 personnes sont engagées dans les activités de « Mercy Ships », à plein-temps et sur une base bénévole.