Invoquant des raisons personnelles à l’origine de cette décision, Samuel Kobia exercera son activité en tant que secrétaire général jusqu’au 31 décembre prochain. Le président du Comité central du COE, le pasteur Walter Altmann, a communiqué que le Comité central avait reçu cette nouvelle avec regret, mais acceptait la décision du pasteur Kobia. L’élection d’un nouveau secrétaire général doit avoir lieu lors de la prochaine réunion du Comité central, en septembre 2009. Premier Africain élu à la tête du COE, l’activité du pasteur Kobia avait fait récemment l’objet de critiques de la part de l’évêque Martin Hein, membre du Comité central issu de l’Eglise protestante allemande. Relevant que le Conseil peinait à faire sentir sa présence dans le monde, il estimait que le COE n’avait pas su élaborer « des visions et des perspectives susceptibles d’être communiquées » et que le pasteur Kobia quittait trop souvent Genève pour voyager dans le monde. Le COE a en outre retiré de son site Internet toute mention faisant référence au doctorat décerné au pasteur Kobia par une institution des Etats-Unis non accréditée, la Fairfax University.